אליצור נתניה נוסדה בשנת 1959. ברוב השנים היא שיחקה בליגות הנמוכות ובעונת 1985 עלתה לראשונה לליגת העל. כבר בעונתה הראשונה עלתה לגמר הפלייאוף ושם הפסידה למכבי תל אביב.
בעונת 2016/17 הקבוצה קמה מחדש עם השם אליצור עירוני נתניה בליגה הארצית, ב-2024 חזרה הקבוצה לליגת העל.