חברי המשלחת הישראלית נתונים תחת איומים רבים מתחילת מלחמת חרבות ברזל. הם נמצאים בפריז תחת אבטחה כבדה, עם שמירה ישראלית שכוללת למעלה מ-100 מאבטחי שירות הביטחון הכללי, לצד כוחות צרפתים מקומיים. ישנם כוחות גלויים וכוחות סמויים ששומרים עליהם, כשעל הספורטאים היחידניים יש שמירה אישית צמודה וחמושה, לרוב של מקומיים, ככל הנראה על מנת להיטמע בין האנשים.
כלל חברי המשלחת לא מסתובבים באופן חופשי, כאשר ברוב הזמן הם נמצאים בכפר האולימפי על מנת שלא להיות מחוצה לו שלא לצורך, ומדווחים במידה ויוצאים ממנו, כשהם מלווים בשמירה. אנשי הצוות המקצועי של הקשתים הישראלים סיפרו: ״השמירה בכפר כבדה מאוד, וכוללת מעגלי שמירה רחבים. בקומות החדרים, מחוץ לבניין הישראלי, באזור חדר האוכל, בכל פינה בכפר ומחוצה לו יש מספר רב של מאבטחים שצמודים אליהם מבחינת הספורטאים שלנו, שמירה אחד על אחד בכל מקום שאנחנו הולכים אליו מהרגע שיוצאים מהכפר לאימונים ולתחרויות״. בטקס הפתיחה ישתתפו 20 אנשים בלבד בסירה בסיין, תחת אבטחה צמודה שתעקוב מקרוב אחרי המשלחת בהתחשב בכך שהטקס יהיה במקום פתוח וחשוף. האבטחה תעשה מגגות בניינים ונקודות תצפית עבור כלל המשתתפים בטקס, עם דגש גדול על הישראלים.
ספורטאים וספורטאיות שנמנים על חברי המשלחת הישראלית עדיין מממשיכים לקבל הודעות הפחדה ונאצה לדואר האלקטרוני שלהם, הודעות לטלפון הנייד שלהם, ונשלחות גם הודעות כאלו לבני משפחתם. בהודעות הללו רשום להם כי: ״כדאי לכם מאוד לפחד, אתם נמצאים על הכוונת בכל מקום אליו תלכו בפריז. עליכם להיות עירניים בכפר האולימפי, באימונים, בתחרויות, בחנויות, ברחובות, בכל מקום אליו ילכו. הציונות אשמה בהריגת אזרחים, וייעשה להם כפי שנעשה להם במינכן 1972, טבח״.
הודעות מן הסוג הזה התקבלו לידי הישראלים במהלך השבועות האחרונים, אך עם ההתקרבות למועד טקס הפתיחה ולתחילת התחרויות דבר זה התגבר. נוסף למיילים הכתובים הללו, נשלחו לספורטאים גם תמונות שלהם עם כתבי נאצה, וגם תמונות שלהם במדי צה״ל ועליהם רשום כי הם חלק מהכיבוש, חלק מהרוצחים של העם הפלסטיני, וכי יש להחרים אותם במשחקים. מישה זילברמן, שחקן הבדמינטון אמר: ״אני ממשיך לקבל הודעות ומיילים, שלחו אותם גם לבני המשפחה שלי, לניידים האישיים שלהם. זה לא נגמר במייל, הם השיגו את פלאפונים. שלי, של המשפחה, והשיגו כל דרך להגיע אליי, הסיפור הזה פשוט הזוי״.
ברחבי פריז ישנן מספר הפגנות פרו פלסטיניות בכיכרות מרכזיים, אך הן לא רבות. ניתן היה לראות שבמהלך משחק הכדורגל של נבחרת ישראל נגד נבחרת מאלי היו לא מעט אנשים עם דגלי פלסטין ביציעים, בצמוד לאוהדי נבחרת ישראל, כך שאפשר היה לראות דגל לצד דגל במשחק. רוב האנשים שאחזו שם בדגלי פלסטין כלל לא הגיעו למשחק במטרה לצפות בו או לעודד את נבחרת מאלי, אלא על מנת להתריס ולהסית נגד ישראל. חשוב לציין כי לא התפתחו מהומות או קטטות בין הקהלים, ועד כה לא היה מקרה חריג בעניין.
עם סיום השתתפותם במשחקים, ניתנה הוראה לישראלים כי מבחינה ביטחונית רצוי שהם יעזבו כמה שיותר מהר. חשוב לציין כי בשל המרחק הקצר יחסית בין ישראל לצרפת, משפחותיהם וחבריהם של הספורטאים והספורטאיות הגיעו לפריז על מנת לצפות בהם בתחרויות, אך ברגע שאלה יסתיימו, הומלץ לספורטאים שלא להישאר ולטייל עימם בעיר, כיוון שהם נמצאים תחת איום, וכי עד 24 שעות לאחר השתתפותם כדאי שישובו ארצה.