2009 הייתה שנה די מזופתת מבחינתו של רפאל נדאל, למרות שהיא נפתחה נהדר עם ניצחון ראשון באליפות אוסטרליה הפתוחה. בגמר הוא גבר על רוג'ר פדרר בחמש מערכות, שבסיומן בכה השווייצרי באופן די מביך. בהמשך אותה שנה דווקא לספרדי היו יותר סיבות לבכות. פציעות בשתי ברכיו אילצו אותו להיעדר במשך שלושה חודשים. הוא הפסיד ברולאן גארוס, לאחר 32 ניצחונות וארבעה תארים רצופים. הוא נאלץ לפרוש מווימבלדון וגם בארה"ב לא זכה. בטורניר המאסטרס שסיכם את השנה נוצח שלוש פעמים מבלי לנצח מערכה. כמו כן, הוריו, שבביתם עדיין התגורר, החליטו להתגרש. "זו לא הייתה שונה טובה מבחינתי, הן מההיבט הפיזי והן מהמנטלי", סיכם אז.
2010 לא התחילה באופן מזהיר. בדוחא הפסיד נדאל בגמר לניקולאי דוידנקו וברבע הגמר באוסטרליה נאלץ לפרוש מול אנדי מארי כששתי ברכיו שוב מאלצות אותו להיעדר מהטור במשך חודש. במקביל, פדרר, היריב המיתי שלעולם לא נפצע, אגר במלבורן גראנד סלאם מספר 16 ואפילו מארי, שמעולם לא זכה באחד מארבעת הטורנירים הגדולים, עקף את נדאל בדירוג ה-ATP. בתוך חודשים ספורים הוא הידרדר מהאולימפוס של עולם הטניס למקום השלישי בעולם. רבים אז האמינו כי הברכיים של נדאל כבר לא יאפשרו לו לכבוש את הפסגה. ספק אם אדם אחד האמין מה הוא מסוגל לעשות בהמשך השנה.
ראינו כבר שנים עצומות בתולדות הטניס: רוד לייבר זכה בארבעת הגראנד סלאמים ב-1962 והיה האחרון לעשות זאת; ג'ון מקנרו רשם את המאזן הטוב בהיסטוריה, 3:82, ב-1984; רוג'ר פדרר התקרב אליו מאוד עם 5:92 ושלושה תארי גראנד סלאם ב-2006. אלה כמובן שלוש עונות מונומנטאליות, אך לייבר, מקנרו ופדרר לא נאלצו להתמודד עם הפציעה שהשביתה את נדאל לתקופה כה ארוכה עד תחילת השנה. כמובן שגם אף אחד משלושת גדולי העבר הללו לא נאלץ להעביר 17 חודשים נטולי גראנד סלאם לפני שהציג את השנה גדולה בחייו.
לא ברור איך בעתיד ינתחו את העונה הנוכחית של רפא נדאל. האם היא תיזכר כשנת המפנה המופלאה והבלתי תיאמן שאיפשרה לו להמשיך ולמחוץ את עולם הטניס, כולל את שיא הגראנד סלאמים של פדרר? או שמא ברכיו של נדאל ישובו להציק לו בעתיד וכך תיזכר שנת 2010, מדהימה אמנם במונחים היסטוריים וכזו שהיוותה עדות ניצחת לגאוניותו החד-פעמית של הספרדי, אך גם ככזו שהמחישה בעיקר מה יכול היה להיות לו נשמרה בריאותו? כך או אחרת, איש לא ייקח מנדאל את שנת 2010.במרץ הוא חזר מהפציעה ונכנע בחצי הגמר באינדיאן וולס לאיבן ליוביצ'יץ'. ואולם, באותו טורניר הוא זכה בתחרות הזוגות, למרות שהוא ובן ארצו האלמוני מארק לופס קיבלו וויילד קארד ובגמר התמודדו מול הזוג הבכיר בעולם (נסטור וזימוניץ'). לאחר שבטורניר הבא בקי ביסקיין הפסיד שוב בחצי הגמר לאלוף העתידי אנדי רודיק, החל נדאל את מה שאולי ניתן להכתיר כששת חודשי הטניס הגדולים בהיסטוריה. במונטה קרלו, טורניר מאסטרס ותיק ויוקרתי על חימר, זכה מבלי להשמיט מערכה בודדת כשהוא מפסיד 13 משחקונים בלבד בחמישה משחקים - הכמות הקטנה ביותר אי פעם בחייו המקצועיים. בגמר מחץ את בן ארצו האיכותי פרננדו ורדאסקו בתוצאה הכל כך משפילה 0:6, 1:6.
אך ברכיו חזרו לדאוב. הוא נאלץ לפרוש מהטורניר בברצלונה בו זכה בכל חמש השנים האחרונות. זו כנראה הייתה החלטה נבונה. באליפות המאסטרס הבאה ברומא נדאל שוב העפיל לגמר כשהוא מפסיד בדרך מערכה בודדת. בגמר, מול דויד פרר, מהחימריסטים האיכותיים בעשור האחרון ועוד קומפטריוט, נדאל ניצח בשתי מערכות. בטורניר הבא במדריד המתין לו בגמר פדרר, שגבר עליו שנה קודם לכן באותו אולם. הפעם נדאל ניצח 4:6, 6:7. לראשונה מזה ארבעה חודשים, החזיר נדאל לחיקו את המקום השני בעולם. לראשונה בהיסטוריית הטניס זכה שחקן בשלושה טורנירי מאסטרס רצופים. אך היה זה "רצף השלישיה" הפחות מרשים, באופן משמעותי, שהשלים נדאל השנה.
הטור דה פורס הגראנד סלאמי של נדאל החל בפאריס, היכן שכולם רצו לראות האם הספרדי מסוגל גם השנה להפסיד. נוֹ צ'אנס. הוא זכה בטורניר מבלי להשמיט מערכה בשבעה משחקים. הסלאם הבא היה בווימבלדון. ב-2008 הוא זכה שם במה שנחשב על ידי רבים כגדול משחקי הטניס בכל הזמנים. ב-2009 כזכור נעדר. ב-2010 הוא חזר. בסיבובים השני והשלישי הוא מאוד התקשה מול רובין האס ופיליפ פצשנר, שגררו אותו למותחנים של חמש מערכות. העומס היה גדול מדי, טענו מרבית הפרשנים. מה הסיכוי שמול האלוף פדרר וכל העילויים הצעירים נדאל החצי-פצוע יילך עד הסוף? ובכן, בחצי הגמר ובגמר רפא מחץ את אנדי מארי ותומאס ברדיץ', שגבר על פדרר ברבע, מבלי לשמוט מערכה. בפעם השניה בקריירה הוא הוכתר כאלוף האול-אינגלנד קלאב.אז כבר היו לו רולאן גארוס (5), ווימבלדון (2) ואוסטרליה (1). אבל ב-US OPEN הוא אף פעם לא העפיל אפילו לגמר. "לטניסאים כמוני יש חסרון רציני במגרשים הקשים. למעשה, יש בשנה רק גראנד סלאם אחד על החימר שממש מותאם לטניס שלי. לטניסאים של מגרשים קשים יש שלושה גראנד סלאמים בשנה שהם יכולים לזכות בהם". הכל מן השפה ולחוץ. כי בניו יורק ההמומה הגיע הספרדי ורצח את התחרות. בשבעה משחקים הוא הפסיד רק מערכה בודדת, וזה בטורניר שהיה לו הכי קשה עד כה בקריירה.
האופן שבו ספורטאים עצומים עושים את מה שהם עושים אף פעם לא ניתן להסבר מדויק. ניתן למנות מפרט טכני, אך הוא תמיד חסר. את אופיו של נדאל ספק אם יש טעם לתאר. נאמר שהשנה הוא שיפר את חבטות ההגשה, גב היד וחבטות החיתוך (הסלייס), כל אלה מאפשרים לו לקצר במעט את הנקודות. הוא גם השתתף בפחות טורנירים, כך שהעומס על הברכיים פחת במעט. אך העומס עדיין עצום. רפא פשוט הוכיח כי הוא יכול לו.
אז כעת יש לו כבר תשעה סלאמים, ולפדרר בגילו היו רק שישה. יש לו גם מדליית זהב אולימפית ביחידים ועוד שתי זכיות בגביע דייויס. לפדרר יש זהב בזוגות ואפס גביעי דייויס (הוא לא נוהג להשתתף בהם). התחרות ביניהם צפויה להימשך וספק אם אי פעם תוכרע. אך השנה ההכרעה הייתה ברורה. אין סיבה טובה מזו כדי לזכות את רפא נדאל בתואר ספורטאי השנה בעולם ל-2010.