מאטס הומלס החל את קריירת המשחק העשירה שלו בבאיירן מינכן לפני כמעט עשור וחצי. הוא לא ממש מצא את מקומו ועבר לבורוסיה דורטמונד, במדיה פרח במשך קרוב לעשור, עד שב-2016 השלים חזרה מתוקשרת לבאיירן. כעת, השוורצגלבן הודיעו רשמית על חזרתו של הבלם, שביצע מעבר שלישי בין שתי היריבות הגדולות.
הומלס חתם לשלוש עונות בצהוב שחור כשעל פי הדיווחים בגרמניה, שני המועדונים הגיעו להסכמה על דמי העברה בגובה 38 מיליון יורו, כולל סעיפים ובונוסים משתנים, עבור הבלם בן ה-30. רק לפני שלוש שנים, עבר הגרמני לבוואריה תמורת 35 מיליון יורו.
באיירן הפכה לפני כמה חודשים את לוקאס הרננדז לשחקן הרכב היקר בתולדות הבונדסליגה, כאשר שילמה עליו לאתלטיקו מדריד 80 מיליון יורו. הוא יעבור רשמית ב-1 ביולי והגעתו צפויה הייתה להוריד את הומלס לספסל, משהו שהגרמני כנראה העדיף להימנע ממנו אחרי עונה בה הופיע רק ב-21 משחקי ליגה וספג שלל ביקורות על יכולתו, שהייתה דלה לעיתים.
בשלוש העונות האחרונות בבאיירן יש להומלס 116 הופעות ו-8 שערים בכל המסגרות והוא זכה עם הקבוצה בשלוש אליפויות וגביע. עם דורטמונד הוא לקח שתי אליפויות וגביע והפסיד לבאיירן בגמר ליגת האלופות ועם נבחרת גרמניה הניף ב-2014 את גביע העולם.