תומאס מולר העביר את כל הקריירה שלו במדי באיירן מינכן, זכה איתה בכל תואר אפשרי והפך לאגדה, אבל סוף דרכו בשורותיה הגיע. שהחלוץ בן ה-35 יעזוב את הבווארים בסיום העונה אחרי 17 שנים במדי הקבוצה הבוגרת.
לפי דיווחים בגרמניה, לאחר שתי פגישות שערך עם מנהלי הקבוצה, לשחקן נודע כי הוא לא יקבל חוזה חדש בקבוצה ויסיים את דרכו כשחקן הקבוצה בה הפך לאחד החלוצים הגדולים בתקופתנו. כעת מספר קבוצות MLS כבר התעניינו בחלוץ הגרמני.
מולר לא רק שיחק את כל קריירת הבוגרים שלו בקבוצה - הוא גם העביר לא מעט משנותיו כנער באקדמיה של באיירן. מולר הגיע לבאיירן כבר בגיל 11 אז הצטרף לאקדמיה שלה, שם כמובן עשה את צעדיו הראשונים כשחקן.
ביחד עם באיירן מולר זכה עד כה ב-12 אליפויות, שישה גביעים גרמניים, שני גביעי ליגת האלופות ושני סופרקאפים אירופים. בסך הכולל הוא שיחק 52,475 דקות בכל המסגרות עם באיירן במהלך 741 משחקים בהם כבש 247 שערים והוסיף 273 בישולים. הוא רשם הכי הרבה הופעות בבאיירן מינכן, הוא מלך הבישולים של הבונדלסיגה וגם השחקן שרשם הכי הרבה ניצחונות ליגה. אגדה של ממש.