הפועל ירושלים הוקמה בגלגול הנוכחי שלה על ידי אוהדיה, והם דואגים לדבוק במודל הזה שחריג בנוף הכדורגל ישראלי. האוהדים הינם בעלי הבית הרשמיים של המועדון, ואחת לשנה הם בוחרים בנציגים שישקפו את השאיפות שלהם מהקבוצה. מודל כזה, קבוצה בבעלות אוהדים קיים בגרמניה, אנגליה וספרד, במועדונים קהילתיים ועד למעצמות כדורגל כמו באיירן וברצלונה, בהם מתקיימות בחירות דמוקרטיות. חברי הוועד המנהל של הפועל ירושלים זוכים להיות אורחי כבוד בכנסי קבוצות אוהדים באירופה, שנחשפים גם לדוגמה הירושלמית והצלחתה.
אז איך זה עובד? האוהדים בוחרים נציגות, שהתפקיד שלה הוא להיות בעמדות השפעה רוחביות יותר, שמשקיפות מלמעלה ומכוונות תהליכים, מאצילות סמכויות, ופחות נוגעות בניהול היומיומי של הקבוצה, שמתבצע ע"י אנשי המקצוע במועדון. פגישה רשמית בין הנהלת המועדון המקצועית לוועד המנהל מתקיימת אחת לחודשיים-שלושה.
עבודתם בפועל של הנציגים היא להיות אחראיים על תוכניות אסטרטגיות למועדון, לטווח ארוך. ההתבססות של הפועל ירושלים על מחלקת נוער מהווה כיום את שלד הקבוצה הבוגרת, וממנה לייצוא שחקנים מוצלח. בנוסף, גיוס ספונסרים משמעותיים, שמהווים (בנוסף לדמי חברות העמותה שמשלמים האוהדים) את הבסיס הכלכלי של המועדון. נוסף לכך הוועד גם דואג לניהול כספים מסודר, מקבל דיווחים ועדכונים על הנעשה בכל שדרות המועדון לאורך העונה, נותן את דעתו ויכול גם לבצע שינויים.
אוהדי הפועל ירושלים (באדיבות המועדון)
כמו כן הוועד דואג לגייס אנשים בקהילה לתפעול קבוצת האוהדים. הוועד המנהל מורכב מארבעה מתמודדים שנבחרים בבחירות, מתוך שישה מועמדים. בנוסף, מצטרפים לדיוני הוועד עד שלושה נציגים מטעם השותפים הכלכליים של המועדון (הספונסרים), אך חברי העמותה מחזיקים ברוב מספרי בקבלת ההחלטות. לאחר בחירתם, הם מתכנסים לישיבתם הראשונה ובוחרים מתוכם את יו"ר הוועד, המשמש למעשה כיו"ר המועדון.
בנוסף לוועד המנהל, נבחרים שלושה חברי וועדת ביקורת, מתוך ארבעה מועמדים. וועדת הביקורת היא מעין גוף "האיזונים והבלמים" של המועדון, מבקרת את פעילות ההנהלה ואחראית לבדוק כי היא עומדת ביעדיה, ופועלת בהתאם להוראות הדין. הוועדה ממליצה לאסיפה הכללית אם לאשר את הדוחות הכספיים של העמותה, והיא גם יכולה להציע לוועד המנהל דרכים לתיקון ליקויים בפעילות העמותה. יחד עם וועדת הביקורת ייבחר גם יו"ר אסיפה, תפקיד ייצוגי האחראי על ניהול אסיפות בהשתתפות כלל חברי העמותה, בה משמיעים האוהדים את דעותיהם ויכולים להעלות נושאים על סדר היום.
892 חברי העמותה הינם בעלי זכות הבחירה. אלה יבחרו את ארבעת חברי הוועד מנהל, כאשר כל חבר עמותה רשאי להצביע לשלושה מועמדים לכל היותר. ביום רביעי, כחצי שעה לאחר סגירת ההצבעות, יוכרזו בעלי התפקידים. 11 חברי עמותה הגישו את מועמדותיהם לוועד, מתוכם גם חברי הוועד המנהל הנוכחי (רפי יונה, טל בן עזרא, אמיר עדיקא, יותם כרמון, שהוא יו"ר הוועד הנוכחי).
המועמדים לוועד המנהל: טל בן עזרא, עמרי בן עמי, רפי יונה, יותם כרמון, אבי מאיה ואמיר עדיקא.
המועמדים לוועדת בביקורת: משה בכר, מאור יצחקי, אור סדן ואהוד שוורצברג.
יו"ר האסיפה הכללית: מתן אבלגון.