הקבוצה מבירת קרואטיה הוקמה ב-1945. בעונת 1946/7 הם הצטרפו לליגה היוגוסלבית וסיימו במקום השני. המועדון הוקם עקב מצוקה בקבוצות כדורגל בעיר זאגראב. לאחר שהשלטון הקומוניסטי פירק את כל קבוצות העיר זאגרב, הוקמה דינמו מתוך הואקום הספורטיבי שנוצר. לאחר פירוק יוגוסלביה, דינמו לקחה חלק בהקמת הליגה הקרואטית העצמאית.
תארים:
אליפויות (25):
1993, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2003, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024
גביעים (17):
1994, 1996, 1997, 1998, 2001, 2002, 2004, 2007, 2008, 2009, 2011, 2012, 2015, 2016, 2018, 2021, 2024
סופר-קאפ קרואטי (6):
2002, 2003, 2006, 2010, 2013, 2019
אליפות יוגוסלביה (4):
1948, 1952, 1958, 1982
גביע יוגוסלבי (7):
1951, 1960, 1963, 1965, 1969, 1980, 1983